Το βράδυ της Τετάρτης 23 Σεπτέμβρη του 2009, η αντιτρομοκρατική εισβάλλει σε 2 σπίτια, στο Χαλάνδρι και το Γαλάτσι και συλλαμβάνει τους Χ. Χατζημιχελάκη, Ε. Γιόσπα, Π. Μασούρα και Μ. Παντέλογλου. Σε βάρος τους ασκούνται ποινικές διώξεις σε βαθμό κακουργήματος, βάσει του αντιτρομοκρατικού νόμου, για τις επιθέσεις στις οικίες του πρώην υφυπουργού Εσωτερικών Παναγιώτη Χηνοφώτη και της υποψήφιας βουλευτή του ΠΑΣΟΚ Λούκας Κατσέλη (ενέργειες που ανέλαβε με προκηρύξεις της η οργάνωση «Συνομωσία Πυρήνων της Φωτιάς»). Οι ίδιοι αρνούνται όλες τις κατηγορίες και μιλάνε για φρονηματικές διώξεις με στημένο και ανύπαρκτο κατηγορητήριο. Τελικά προφυλακίζονται οι τρεις πρώτοι ενώ η Μυρτώ Π. αφήνεται ελεύθερη με περιοριστικούς όρους.
Ταυτόχρονα στήνεται ενα τρομολαγνικό σκηνικό από την αστυνομία και τα ΜΜΕ, τα όποια βαφτίζουν τις οικίες των κατηγορουμένων «γιάφκες». Δεκάδες αποτυπώματα από το φιλικό, συγγενικό και συντροφικό περιβάλλον των συντρόφων λαμβάνονται από αυτά τα σπίτια, για έξι άτομα εκ των οποίων εκδίδονται εντάλματα για την ίδια υπόθεση, οι οποίοι διαφεύγουν τη σύλληψη. Η υπόθεση, βάσει της σοβαρότητάς της, ανατίθεται σε ειδικό εφέτη-ανακριτή, ενώ στις κατηγορίες προστίθεται και η έκρηξη έξω από το Υπουργείο Μακεδονίας-Θράκης στη Θεσσαλονίκη, από την ίδια οργάνωση στις 3/9/09.
Στο επόμενο διάστημα συλλαμβάνονται και ανακρίνονται συνολικά άλλα 4 άτομα, των οποίων αποτυπώματα έχουν βρεθεί σε κινητά ή ακίνητα σημεία στα σπίτια-»γιάφκες». Οι 3 αφήνονται ελεύθεροι, με εγγυήσεις και περιοριστικούς όρους, ενώ ο Νίκος Β. προφυλακίζεται στις 4 Φεβρουαρίου, αρνούμενος τις κατηγορίες, και τελικά αποφυλακίζεται 1 μήνα μετά. Στις 22 Απριλίου 2010 συλλαμβάνεται η 19χρονη Κωσταντίνα Καρακατσάνη, μία εκ των 6 ατόμων που εκρεμούσε ένταλμα σύλληψης. Ανακρίνεται και τελικά προφυλακίζεται, αρνούμενη κάθε εμπλοκή με την υπόθεση. Στις 16/4 αποφυλακίζεται ο Ε. Γιόσπας.
Στην 1 Νοέμβρη του 2010 συλλαμβάνονται οι Π. Αργυρός και Γ. Τσάκαλος, κατηγορούμενοι για αποστολή παγιδευμένων δεμάτων σε πρεσβείες ξένων χωρών. Τα ΜΜΕ και ανεπίσημα η αστυνομία τρέχουν να τους συνδέσουν με την υπόθεση της «Συνομωσίας Πυρήνων της Φωτιάς». Τελικά προφυλακίζονται με πολύ βαρύ κατηγορητήριο, ενώ οι ίδιοι αρνούνται να αναγνωρίσουν τη διαδικασία και να απολογηθούν. Για τον Π. Αργυρό εκρεμμούσε ένταλμα σύλληψης για την υπόθεση της Σ.Π.Φ. Ταυτόχρονα με εντολή εισαγγελέα βγαίνουν στη δημοσιότητα φωτογραφίες άλλων 6 ατόμων που διώκωνται να αναζητούνται για την ίδια υπόθεση. Στις 22/11/2010 ο Χ. Χατζημιχελάκης και οι Π.Αργυρού-Γ.Τσάκαλος με επιστολές τους μέσα από τη φυλακή αναλαμβάνουν την πολιτική ευθύνη για την οργάνωση «Συνομωσία Πυρήνων της Φωτιάς».
Στις 4 του Δεκέμβρη 2010, στα πλαίσια συντονισμένων εφόδων της αντιτρομοκρατικής σε σπίτια σε Αθήνα και επαρχία, συλλαμβάνονται και προφυλακίζονται με βαρυ κατηγορητήριο, που περιλαμβάνει συμμετοχή σε απροσδιόριστη μέχρι στιγμής «τρομοκρατική οργάνωση», οι Α.Μητρούσιας και Κ.Σακκάς, σε βάρος των οποίων εκρεμεί από τον Σεπτέμβρη του ’09 ένταλμα σύλληψης για την υπόθεση της «ΣΠΦ».
Στις 17 Ιανουαρίου 2011 ξεκιναει η δίκη ενώπιον του τριμελούς εφετείου Κακουργημάτων για την υπόθεση της οργάνωσης «Συνωμοσία Πυρήνων της Φωτιάς», στην υψίστης ασφαλείας αίθουσα των Γυναικείων Φυλακών Κορυδαλλού. Από την πρώτη κιόλας μέρα φαίνονται ξεκάθαρα οι διαθέσεις του κράτους και της δικαστικής εξουσίας να μετατρέψουν τη δίκη σε πολιτικό στρατοδικείο, καταγράφοντας τα στοιχεία όσων αλληλέγγυων θέλουν να παρεβρεθούν στην αίθουσα, κράτωντας αλυσοδεμένους τους κατηγορούμενους καθόλη τη διαδικασία και γεμίζοντας την αίθουσα με μπάτσους κάθε είδους. Οι κατηγορούμενοι σύντροφοι αρνούνται να δεχθούν αυτή την κατάσταση και διατυπώνουν δύο αιτήματα: τη μη κράτηση των ταυτοτήτων στην είσοδο και την απομαγνητοφώνηση των πρακτικών της δίκης. Μετά την άρνηση της έδρας να ικανοποίησει τα αιτήματά τους οι κατηγορούμενοι αποχωρούν και σε σύντομο χρονικό διάστημα οι Π.Αργυρού, Χ.Χατζημιχελάκης, Π.Μασούρας και Γ.Καραγιαννίδης ξεκινούν απεργία πείνας. Κάποιοι από τους κατηγορούμενους τελικά επιστρέφουν στη δίκη και οι 4 σύντροφοι σταματούν την απεργία πείνας, εξακολουθούν όμως να μην παρίστανται στη διαδικασία. Η δίκη συνεχίζεται μέχρι και σήμερα.
Στις 26/1/2011 συλλαμβάνεται στην Κηφισιά ο Μιχάλης Νικολόπουλος, για τον οποίο εκρεμμούσε ένταλμα σύλληψης από τα πρώτα 6 που είχαν εκδωθεί για την υπόθεση του Χαλανδρίου. Ο σύντροφος προφυλακίζεται και αναλαμβάνει την ευθύνη για τη συμμετοχή του στη Συνωμοσια Πυρήνων της Φωτιάς.
Στις 14/3/2011 μετά από επιχείρηση της αντιτρομοκρατικής συλλαμβάνονται στο Βόλο οι Όλγα Οικονομίδου, Γιώργος Πολύδωρας, Χρήστος Τσάκαλος, Δαμιανός Μπολάνο και Γιώργος Νικολόπουλος, για συμμετοχή στην Συνωμοσία Πυρήνων της Φωτιάς. Οι σύντροφοι προφυλακίζονται και αναλαμβάνουν την ευθύνη για τη συμμετοχή τους στην οργάνωση.
Στις 23/3/2011 αποφυλακίζεται με περιοριστικούς όρους ο Παναγιώτης Μασούρας, λόγω έλευσης του 18μήνου της προφυλάκισης.
Στις 19/7/2011 ολοκληρώνεται η δίκη για τρεις ενέργειες που είχαν αναληφθεί από την οργάνωση «Συνωμοσία Πυρήνων της Φωτιάς». Το δικαστήριο επιβάλλει ποινές κάθειρξης : στον Χάρη Χατζημιχελάκη, συνολική ποινή 37 ετών και 4 μηνών με εκτιτέα τα 25 χρόνια κάθειρξης, που είναι το ανώτερο προβλεπόμενο όριο από τον ποινικό κώδικα. Στον Παναγιώτη Αργυρού 37 χρόνια συνολικής κάθειρξης με εκτιτέα τα 25 χρόνια. Στον Γιώργο Καραγιαννίδη 20 χρόνια κάθειρξη, στον Παναγιώτη Μασούρα 11 χρόνια και 6 μήνες κάθειρξη, στον Αλέξανδρο Μητρούσια 11 χρόνια κάθειρξη, στην Κωνσταντίνα Καρακατσάνη 11 χρόνια κάθειρξη και στον Εμμανουήλ Γιόσπα 2 χρόνια και 9 μήνες φυλάκιση.
Ο Παναγιώτης Μασούρας, ο οποίος είχε αποφυλακιστεί με περιοριστικούς όρους, φυλακίζεται στα Γρεβενά.
Κείμενα των κρατούμενων για την υπόθεση της «Συνομωσίας Πυρήνων της Φωτιάς»:
Κείμενο του Παναγιώτη Μασούρα.
Κείμενο του Χάρη Χατζημιχελάκη.
Κείμενο της Κωνσταντίνας Καρακατσάνη.
Ανάληψη ευθύνης των Γ.Τσάκαλου-Π.Αργυρού.
